Un service d'aumônerie protestant ne travaille pas en mode "électron  libre". En effet, il a le soucis de respecter les cadres institutionnels qui l'encadrent et sont garants de la bonne marche de leur mission. Du côté institution hospitalière, il s'agit de la charte nationale des aumôneries relevant de la fonction publique hospitalière datant du

5 septembre 2011.

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Ce principe est repris dans la Charte du Malade hospitalisé (1995 et 2007) :
 

« Tout patient doit pouvoir suivre les préceptes de sa religion (présence d’un ministre du culte) ». La circulaire du Ministère de la Santé du 20/12/2006 réaffirme la place des aumôniers et le droit des patients de faire appel à eux ; la charte nationale des aumôneries des établissements relevant de la fonction publique hospitalière diffusée sous forme de circulaire le 5 septembre 2011 précise le rôle des aumôniers.
 

Du côté ecclésial, la charte de la FPF et la charte locale sont nos principaux textes de référence.